طوال سنوات شغله للمنصب، كان شوقي علام مثيرا للجدل بفتواه ومواقفه الغريبة، إضافة إلى كونه أكثر مفتي مصري صادق على أحكام بالإعدام، وصفت بالجائرة والمسيسة من قبل منظمات حقوقية، ما جعله في موضع اتهامات وشبهات. 

أثارت تصريحات مفتي الديار المصرية شوقي علام، غضبا واسعا بين رواد موقع "تويتر"، وذلك بعد زعمه أن نحو 50 بالمئة من الجيلين الثاني والثالث من المسلمين في دول أوروبا ينتمون إلى تنظيم الدولة، حيث اعتبر أن ما أدلى به تحريضا علنيا ضد المسلمين.